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- J.A.N.F. Gomes, Comentário à proposta de Regulamento da Fundação para a Ciência e a Tecnologia, 'Avaliação e financiamento das unidades de investigação' apresentada em 22 de Fevereiro de 2013.
- J.A.N.F. Gomes, 'ICT is boring!' apresentado na conferência 'TECHNUCATION, ICT in Science in Society Activities' , Universidade do Porto, 29 de Novembro de 2012.
- J.A.N.F. Gomes, '10 theses on the sustainability of the Portuguese higher education System' , apresentado no Conselho Nacional de Educação em 19 de Outubro de 2012.
- J.A.N.F. Gomes, 'Uma reflexão sobre a formação e a avaliação dos investigadores' , apresentado no salão nobre da reitoria da Universidade de Lisboa em 1 de Junho de 2012.
- J.A.N.F. Gomes, 'Role of Scientometrics in Research Assessment' apresentado no Workshop: Bibliometric analysis of research performance , na Universidade do Porto em 8 de Maio de 2012.
- J.A.N.F. Gomes, 'Enquadramento e Organização do Ensino Superior Nacional' apresentado no FAPForm (edição I) na Universidade da Beira Interior (Covilhã) em 14 de Abril de 2012, foto1, foto2, foto3.
- J.A.N.F. Gomes, 'A rede de Educação Superior' apresentado no II Jornadas Pedagógicas AEfeup em 13 de Abril de 2012.
- J.A.N.F. Gomes, 'Perspectivas para a Ciência em Portugal' apresentado no Forum da Investigação da Investigação Científica do Instituto Politécnico do Porto em 13 de Fevereiro de 2012.
- J.A.N.F. Gomes, 'Higher Education in Portugal' , apresentado na workshop 'Structural Changes in the Context of the Adjustment Programme' , Lisboa 19-21 Janeiro de 2012, organizado pelo Sec. de Estado Adjunto, Carlos Moedas, na Sessão 5 - Education training and human capital - improving workforce qualification com o memorando sobre a consolidação da Educação Superior.
- J.A.N.F. Gomes, 'COMPETITIVENESS AND IMPACT ON EQUITABLE ACCESS AND SUCCESS IN QUALITY HIGHER EDUCATION' , apresentado na conferência IAU 2011 International Conference - Strategies for Securing Equity in Access and Success in Higher Education , 16-18 de Novembro de 2011 na Universidade Keniatta, Nairobi. Com a apresentação feita na mesa redonda prevista no programa.
- J.A.N.F. Gomes, 'Financiamento da Ciência' , apresentado na conferência Jornadas de Ciência, Biblioteca Almeida Garrett, Porto , 29 de Setembro de 2011.
- J.A.N.F. Gomes, 'A avaliação dos currículos dos investigadores' , apresentado na conferência ANICT2011, 2nd ANICT NATIONAL SYMPOSIUM , Fundação Eng. António de Almeida, Porto, 10 de Setembro de 2011.
- Vieira E.S.; Gomes J.A.N.F., Citations to scientific articles: Its distribution and dependence on the article features, Journal of Informetrics, aceite em Junho de 2009, disponível online desde 27 de Agosto de 2009.
- J.A.N.F. Gomes, E.S. Vieira, H. Nouws, J.T. Albergaria and C. Delerue Matos, 'Research quality indicators for Brazilian, Portuguese and Spanish universities' , apresentado na conferência ISSI 2009, Rio de Janeiro (Brasil) , 14-17 Julho 2009
- Vieira E.S.; Gomes J.A.N.F., A comparison of Scopus and Web of Science for a typical university, Scientometrics, Vol:81(2), 587-600, Nov.2009, on-line since December 2008.
- E.S. Vieira, J.A.N.F. Gomes, 'A Física nas Universidades Portuguesas' , 'Requimte Research Metrics' , 16 de Dezembro de 2008.
- E.S. Vieira, J.A.N.F. Gomes, 'A Química nas Universidades Portuguesas' , 'Requimte Research Metrics' , 16 de Dezembro de 2008.
- E.S. Vieira, H. Nouws, J.T. Albergaria, C. Delerue-Matos, J.A.N.F. Gomes, 'A Especialização das Universidades Portuguesas: Produção por área Científica' , 'Requimte Research Metrics nº 7' , 16 de Dezembro de 2008.
- José Ferreira Gomes, 'Que governo para as universidades, Conselho Geral ou mini-Parlamento?' , 20 de Novembro de 2008.
- E.S. Vieira, H. Nouws, J.T. Albergaria, C. Delerue-Matos, J.A.N.F. Gomes, 'A Produção Científica Portuguesa na Scopus: Comparação com a Web of Science' , 'Requimte Research Metrics nº 6' , 31 de Outubro de 2008.
- E.S. Vieira, C. Delerue-Matos, J.A.N.F. Gomes, 'Compromisso com a Ciência: Estarão os objectivos atingidos? Poderá o país manter o compromisso numa altura de crise?' , 'Requimte Research Metrics nº5' , 28 de Junho de 2008.
- J.A.N.F. Gomes, E.S. Vieira, H. Nouws, J.T. Albergaria and C. Delerue Matos, 'Some Indicators on Portuguese Science: A comparison of Scopus and Web of Science for a typical university' apresentado na 10th International Conference on Science and Technology Indicators , Vienna, Austria, 17-20 de Setembro de 2008.
- José Ferreira Gomes, preside no âmbito da IAU, International Association of Universities , ao Grupo de Trabalho que preparou ao longo de 2006-2008 a Declaração 'Equitable Access, Success and Quality in Higher Education' aprovado na 13th IAU General Conference, em Utrecht, 15-18 de Julho de 2008.
- José Ferreira Gomes, 'Access, Equity and Success in Higher Education: An European Perspective' , apresentação na 'Annual Conference on Development & Economics, ABCDE' Cidade do Cabo, África do Sul, 9-11 de Junho de 2008, promovida pelo 'Banco Mundial e pelo National Treasury of South Africa' .
- José Ferreira Gomes, 'Reconhecimento de Estudos na Prática' , apresentação no Seminário 'Reconhecimento de Estudos e Quadro Nacional de Qualificações' Universidade de Évora, integrado no ciclo de seminários 'Bolonha na Prática' promovido pelos peritos de Bolonha, 30 de Maio de 2008.
- José Ferreira Gomes, 'Aplicação do RJIES: Considerações sobre o governo universitário' , 29 de Fevereiro de 2008.
- H. Nouws, J.T. Albergaria, E.S. Vieira, C. Delerue-Matos, J.A.N.F. Gomes, 'Publicações do Instituto Politécnico do Porto 2000-2007' , 'Requimte Research Metrics nº4' , 31 de Março de 2008.
- E.S. Vieira, H. Nouws, J.T. Albergaria, C. Delerue-Matos, J.A.N.F. Gomes, 'As Publicações Portuguesas mais citadas em 1997-2007' , 'Requimte Research Metrics nº3' , 28 de Março de 2008.
- H. Nouws, J.T. Albergaria, E.S. Vieira, C. Delerue-Matos, J.A.N.F. Gomes, 'Indicadores Científicos Essenciais 1998-2007' , Universidades do CRUP, Institutos Politécnicos do CCISP e Hospitais, 'Requimte Research Metrics nº2' , 26 de Março de 2008.
- H. Nouws, J.T. Albergaria, E.S. Vieira, C. Delerue-Matos, J.A.N.F. Gomes, 'Alguns Indicadores de Desempenho da Universidades Portuguesas' , apresentado por J.A.N.F. Gomes no Seminário 'Bibliometria e Avaliação da Ciência', na Reitoria da Universidade do Porto em 11 de Março de 2008.
- H. Nouws, J.T. Albergaria, E.S. Vieira, C. Delerue-Matos, J.A.N.F. Gomes, 'Documentos Indexados no ISI Web of Knowledge, 2000-2007' , Universidades do CRUP, Institutos Politécnicos públicos e Hospitais, 'Requimte Research Metrics nº1' , 21 de Janeiro de 2008.
- José Ferreira Gomes, 'A Educação Superior Portuguesa Em Transformação' , in 'Universidad, Sociedad e Innovacion: Una perspectiva Internacional', Norberto Fernandez Lamarra (Compilador), Univ. Nacional de Tres de Febrero, 2009, ISBN: 978-987-1172-43-6, pp402-412.
- José Ferreira Gomes, 'Proposta de Criação de um Observatório da Governação Escolar' , in 'SUCESSO E INSUCESSO: ESCOLA, ECONOMIA E SOCIEDADE', organizado por Manuel Vilaverde Cabral, 'Textos da Conferência Internacional Sucesso & Insucesso: Escola, Economia e Sociedade', Lisboa, Novembro de 2007, ISBN 978-972-31-1260-3, pags.361-366.
- José Ferreira Gomes, Comentário ao Projecto de Decreto-lei "Regime Jurídico de Autonomia, Administração e Gestão dos Estabelecimentos Públicos da Educação Pré-escolar e dos Ensinos Básico e Secundário", 1 de Janeiro de 2008.
- José Ferreira Gomes, "O portal da Fundação Calouste Gulbenkian para apoio aos professores da educação básica e secundária", 17 de Dezembro de 2007
- José Ferreira Gomes, 'Como Salvar a Escola Pública' , texto da contribuição para o painel 'Sucesso e Insucesso: Escola, Economia e Sociedade', Conferência Internacional organizada pela Fundação Calouste Gulbenkian , 19-20 de Novembro 2007, Lisboa.
- José Ferreira Gomes, Access and Equity in Higher Education , conferência plenária no GLOBAL HIGHER EDUCATION FORUM (GHEF) MALAYSIA 2007, 6-7 de Novembro 2007, Kuala Lumpur, com o título “Knowledge and Relevant Human Resource Development”.
- José Ferreira Gomes, Acesso ao Ensino Superior: Boas notícias para todos!, um comentário aos resultados do Acesso às instituições públicas divulgado em 16 de Setembro de 2007
- José Ferreira Gomes, Boas Práticas de Governação nas Instituições de Educação Superior: Constituição e funcionamento do Conselho Geral, 26 de Julho de 2007
- José Ferreira Gomes, Indicadores bibliométricos e o seu uso, apresentação no Seminário "Indicadores de Desempenho em Investigação" organizado pelo Conselho Científico do Istituto Superior de Engenharia do Porto do IPP, em 17 de Julho de 2007
- José Ferreira Gomes, Contribuição para o debate sobre o regime jurídico das instituições do ensino superior, Universidade dos Açores, 11-13 de Julho de 2007
- José Ferreira Gomes, Estará Portugal preparado para o novo regime jurídico do ensino superior?, 22 de Junho de 2007
- José Ferreira Gomes, Comentário à proposta do governo para o "Regime Jurídico das Instituições do Ensino Superior", 10 de Junho de 2007
- José Ferreira Gomes, "A Reforma da Educação Superior Portuguesa", Revista de Economia (Universidade Federal do Paraná, Brasil), ISSN: 0556-5782, 2007
- João Vasconcelos Costa, José Ferreira Gomes, Sérgio Machado dos Santos, Lei da garantia da qualidade da educação superior - Bases para o seu desenvolvimento (27.3.2007)
- José Ferreira Gomes, Universidade Junior, a project to motivate pupils apresentada na conferência 2007 ICECE, International Engineering and Computer Education, 11-14 de Março de 2007, São Paulo, Brasil.
- José Ferreira Gomes, "Haverá alternativa para os rankings da imprensa?", 22 de Dezembro de 2006
- João Vasconcelos Costa, José Ferreira Gomes, Sérgio Machado dos Santos, Proposta de bases para uma lei da autonomia das Instituições de Educação Superior (15.12.2006).
- José Ginés Mora, José Ferreira Gomes, Paulo Haddad, Francisco Marmolejo, Northern Parana Region (Brazil), Peer Review Report, OECD (Paris), Agosto, 2006.
- Gomes, JANF, Proposta de candidatura a Reitor, 2006
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- Gomes, JANF, O ensino superior na hora da qualidade. Diário de Noticias 17/01/2006, 2006.
- Gomes, JANF, Comentário ao Anteprojecto de Decreto-Lei "Graus académicos e diplomas do ensino superior. 2006.
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- Gomes, JANF, Projecto Bolonha UMa: Contributo de José Ferreira Gomes. Contributos 2006.
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- Gomes, JANF, Afinal, que vamos fazer dos novos cursos? Folha do Departamento de Quimica 2005, (20/06/2005),
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- Cristina Freitas, P. C., O que esperar do Tratado de Bolonha. JornalismoPortoNet 11/2004, 2004.
- Se proyecta la Universidad de Pamplona: Portugal se integra. La Opinion 07/09/2004, 2004.
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- Gomes, JANF, Política contagiosa? Expresso 24/04/2004, 2004.
- Gomes, JANF, Sistema científico, tecnológico e de inovação: modelo de financiamento; 30/04/2004, 2004.
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- Gomes, JANF, Uma estratégia para o desenvolvimento da investigação na Universidade do Porto. 2002.
- Gomes, JANF, O espaço Europeu de ensino superior está aí! Folha do Departamento de Quimica 04/2002, 2002.
- Gomes, JANF, O Processo de Bolonha e a Reforma do Ensino Superior em Portugal. Boletim da Universidade do Porto 2002, 55-60.
- Gomes, JANF, Pela reforma do ensino superior. Diário de Noticias 05/02/2002, 2002.
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- Gomes, JANF, Proposta de criação do Instituto de Estudos Ibero - Americanos na Universidade do Porto (InE IbA.UP). 2001.
- Gomes, JANF, Por um Ensino Superior à bolonhesa. 2001.