O GreenUPorto abrange dois Campus: Vairão e Campo Alegre.
O Campus de Vairão, localizado em Vila do Conde, possui vários laboratórios de investigação, sala de análise sensorial, câmaras de crescimento vegetal, estufas e campos abertos. Estas instalações promovem a ligação entre a investigação fundamental e a aplicada, dentro das ciências agronómicas, alimentares e ambientais, oferecendo excelentes condições para o aumento de escala (testes em cenários mais reais) e para a demonstração e transferência de conhecimento para produtores e partes interessadas da indústria. A coabitação com os cursos de pós-graduação e doutoramento que ocorrem neste Campus, promove a Experiência na participação em projetos internacionais e na interface Universidade-Empresa e integração de jovens investigadores na área de Ciências Agronómicas, Ciências Alimentares e Nutrição.
O Campus do Campo Alegre, localizado na sede da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto, dispõe de vários laboratórios de investigação bem equipados para investigação em biotecnologia vegetal, biologia molecular, bioquímica, fisiologia, nutrição, ecologia dos solos, ecotoxicologia terrestre e aquática e avaliação de risco ambiental. A localização destes laboratórios oferece um excelente ambiente de investigação multidisciplinar, com uma forte ligação aos cursos de pós-graduação e doutoramento oferecidos pela Faculdade, principalmente nas áreas de Biologia e Ciências Ambientais.